Fue fundado el 7 de noviembre de 1878, es una de las más antiguas del país y la primera constituida en la costa del río Uruguay, incluyendo el litoral argentino-uruguayo. La piedra fundamental del actual Templo fue colocada el 10 de noviembre de 1929 e inaugurada el 8 de febrero de 1931.
Este edificio funcionó como Capilla desde 1867 hasta 1876. Originalmente, los oficios religiosos se llevaban a cabo en una residencia particular, más
precisamente, en la Quinta del Dr. Estevan Moreno, en la zona puerto de esta ciudad. Allí, en una pequeña habitación se dispuso un altar, el ara santa y algunos candelabros.
Mientras tanto, en 1864, la Junta de Fomento de entonces, comenzaba a realizar las gestiones necesarias para adquirió de un solar para la construcción de un pequeño edificio que esté destinado a este uso.
Edificada por iniciativa del Canónigo Narciso Goiburu. El templo fue inaugurado como Capilla el 8 de diciembre de 1937 y puesto bajo la advocación de
Nuestra Señora del Carmen. Esta obra es el resultado de la colaboración de toda la ciudad de Colón, la cual contribuyó con dinero a través de la compra de ladrillos y de todo el material de construcción. El 6 de enero de 1970, considerando el crecimiento de la población de la ciudad,
la Capilla fue elevada a la categoría de Parroquia. Cabe recordar que antes de esta fecha, la Capilla dependió de la Parroquia de los Santos Justo y Pastor. En su interior descansan los restos del Pbro. Goiburu en reconocimiento del pueblo de Colón a la intensa, noble y progresista labor de este querido sacerdote.
